*Code_Aster の並列化 [#pff8d5dc]

本家の情報:http://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=14892

OS:Ubuntu 10.04~
Code_Aster : ver.10.3~
 *バージョン11.0の並列化は、上記の資料と同様の手順で実行できます。ただし、11.0 と 10.3 で config.txt が違うため、PAR10.3 の config.txt は流用できません。そのため、STA10.3 → PAR10.3 で行ったものと同様の書き換えを、PAR11.0 の config.txt に行う必要があります。~
Code_Aster : ver.10.6~
 *10.6を対象に記述していますが、11.1も同様の方法で並列化できます。~


ダウンロードしたファイルの保存先	~/Install_Files~
インストール先		/opt と /opt/aster~
~
1. ファイルのダウンロード~
  aster-full-src-10.3.0-3.noarch.tar.gz
  aster-full-src-10.6.0-3.noarch.tar.gz
  acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz
  ParMetis-3.1.1.tar.gz
  ParMetis-3.2.0.tar.gz
  scalapack_installer.tgz
  petsc-2.3.3.tar.gz
~
2. フォルダの所有者の変更(root → user)~
 $ sudo chown username /opt/
~
3. 必要なインストール~
 $ sudo apt-get install gfortran g++ python-dev python-numpy zlib1g-dev libatlas-base-dev grace bison flex python-qt4 checkinstall mpich2
~
4. acmlのインストール~
 $ cd ~/Install_Files/
 $ mkdir ./acml
 $ cp acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz ./acml
 $ cd ./acml
 $ tar xfvz acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz
 $ ./install-acml-4-4-0-gfortran-64bit.sh -accept -installdir=/opt/acml4.4.0
 $ echo /opt/acml4.4.0/gfortran64/lib | sudo tee -a /etc/ld.so.conf.d/amd_math.conf
 $ sudo ldconfig
~
5. Code_Asterのインストール~
 $ cd ~/Install_Files
 $ tar xfvz aster-full-src-10.3.0-3.noarch.tar.gz
 $ cd aster-full-src-10.3.0/
 $ tar xfvz aster-full-src-10.6.0-3.noarch.tar.gz
 $ cd aster-full-src-10.6.0/
 $ sed -i "s:PREFER_COMPILER\ =\ 'GNU':PREFER_COMPILER\ =\'GNU_without_MATH'\nMATHLIB=\ '-L/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib -lacml':g" setup.cfg
 $ python setup.py install --prefix=/opt/aster
 (sed で書き換えた後の setup.cfg&ref(SALOME-Mecaの活用技術/setup.cfg);)~
~
6. .mpd.confの設定~
 $ cd ~/
 $ echo MPD_SECRETWORD=mr-secret > .mpd.conf
 $ chmod 600 .mpd.conf
 /opt/aster/etc/codeaster/aster-mpihosts を作成し、コンピュータ名:プロセッサー数を記入 例 : comp1:8~
~
7. scalapackのインストール~
 $ cd ~/Install_Files
 $ tar xfvz scalapack_installer.tgz
 $ cd scalapack_installer_0.96/
 $ ./setup.py  --blaslib=/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib/libacml.a --downblacs --lapacklib=/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib/libacml.a --mpicc=mpicc --mpif77=mpif90 --mpiincdir=/usr/include/mpich2/ --prefix=/opt/scalapack --f90=/usr/bin/gfortran
~
8. ParMetisのインストール~
 $ cp ~/Install_Files/ParMetis-3.1.1.tar.gz /opt
 $ cp ~/Install_Files/ParMetis-3.2.0.tar.gz /opt
 $ cd /opt
 $ tar xfvz ParMetis-3.1.1.tar.gz
 $ cd ParMetis-3.1.1
 $ tar xfvz ParMetis-3.2.0.tar.gz
 $ cd ParMetis-3.2.0
 Makefile.in に 'XTRALIBS = -lmpich' を加える~
 $ make
~
9. mumpsのインストール~
 $ cp ~/Install_Files/aster-full-src-10.3.0/SRC/mumps-4.9.2.tar.gz /opt/
 $ cp ~/Install_Files/aster-full-src-10.6.0/SRC/mumps-4.9.2.tar.gz /opt/
 $ cd /opt
 $ tar xfvz mumps-4.9.2.tar.gz
 $ mv mumps-4.9.2 mumps-4.9.2_mpi
 $ cd mumps-4.9.2_mpi/
 Makefile.inc を添付ファイルのように書き換える&ref(SALOME-Mecaの活用技術/Makefile.inc);~
 $ make all
~
10. PAR10.3の作成~
10. petscのインストール
 $ cp ~/Install_Files/petsc-2.3.3.tar.gz /opt
 $ cd /opt
 $ tar xfvz petsc-2.3.3.tar.gz
 $ cd petsc-2.3.3-p16
 $ ./config/configure.py --with-mpi-dir=/usr/lib --with-blas-lapack-lib=/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib/libacml.a --with-debugging=0 COPTFLAGS=-O3 FOPTFLAGS=-O3 --with-shared=0 --configModules=PETSc.Configure --optionsModule=PETSc.compilerOptions  --with-x=0
 $ make
~
11. PAR10.6の作成~
 /opt/aster/etc/codeaster/asrun を開き、mpirun_cmd の部分を下のように書き換える~
 mpirun_cmd : mpiexec -machinefile %(mpi_hostfile)s -n %(mpi_nbcpu)s %(program)s~
 $ cd /opt/aster
 $ cp -ax STA10.3 PAR10.3
 $ cd /opt/aster/PAR10.3
 $ cp -ax STA10.6 PAR10.6
 $ cd /opt/aster/PAR10.6
 profile.sh を添付ファイルのように書き換える&ref(SALOME-Mecaの活用技術/profile.sh);~
 config.txt  を添付ファイルのように書き換える&ref(SALOME-Mecaの活用技術/config.txt);~
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.3 --make clean
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.3 --make clean bibf90/mumps
 *config.txtのID_PERFの項は自身のコンピュータ名に書き換えてください。
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.6 --make clean
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.6 --make clean bibf90/mumps
 $ mpd &
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.3 --make
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.6 --make
 DIAGNOSTIC JOB : OK と表示されれば成功~
 /opt/aster/etc/codeaster/aster を開いて、 vers : STA10.3 の下に vers : PAR10.3 を追加すればASTKに PAR10.3 が登録される~
 /opt/aster/etc/codeaster/aster を開いて、 vers : STA10.6 の下に vers : PAR10.6 を追加すればASTKに PAR10.6 が登録される~
~
11. ASTK の設定~
12. ASTK の設定~
 Options でプロセッサー数を設定~
   mpi_nbcpu=プロセッサー数
   mpi_nbnoeud=コンピューター数
 2台のコンピューターがそれぞれ10個のプロセッサーを持ち、合計20個のプロセッサーがある場合は、~
   mpi_nbcpu=20、mpi_nbnoeud=2
~
12. comm の設定~
13. 並列化の効果~
 添付のJPGか、PDFの最後の2ページを見てください。内容は同じです。&ref(SALOME-Mecaの活用技術/Parallelize_3.pdf);~
13. comm の設定~
 MECA_STATIQUEやSTAT_NON_LINEのオプションで次のように並列ソルバーを選択してください。~
 MECA_STATIQUE>SOLVEUR>METHODE:MUMPS

~


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