*Code_Aster の並列化 [#pff8d5dc]

[[Code_Aster Forum:http://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=14892]]と[[CAE Linux:http://caelinux.com/CMS/index.php]]の情報を参考に記述しています。

OS：Ubuntu 10.04~
Code_Aster : ver.10.6~
　＊10.6を対象に記述していますが、11.1も同様の方法で並列化できます。~


ダウンロードしたファイルの保存先	~/Install_Files~
インストール先		/opt と /opt/aster~
~
1. ファイルのダウンロード~
  aster-full-src-10.6.0-3.noarch.tar.gz
  acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz
  ParMetis-3.2.0.tar.gz
  mpiblacs.tgz
  scalapack-1.8.0.tgz
  petsc-2.3.3.tar.gz
~
2. フォルダの所有者の変更(root → user)~
 $ sudo chown username /opt/
~
3. 必要なインストール~
 $ sudo apt-get install gfortran g++ python-dev python-numpy zlib1g-dev libatlas-base-dev grace bison flex python-qt4 checkinstall mpich2
~
4. acmlのインストール~
 $ cd ~/Install_Files/
 $ mkdir ./acml
 $ cp acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz ./acml
 $ cd ./acml
 $ tar xfvz acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz
 $ ./install-acml-4-4-0-gfortran-64bit.sh -accept -installdir=/opt/acml4.4.0
 $ echo /opt/acml4.4.0/gfortran64/lib | sudo tee -a /etc/ld.so.conf.d/amd_math.conf
 $ sudo ldconfig
~
5. Code_Asterのインストール~
 $ cd ~/Install_Files
 $ tar xfvz aster-full-src-10.6.0-3.noarch.tar.gz
 $ cd aster-full-src-10.6.0/
 $ sed -i "s:PREFER_COMPILER\ =\ 'GNU':PREFER_COMPILER\ =\'GNU_without_MATH'\nMATHLIB=\ '-L/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib -lacml':g" setup.cfg
 $ python setup.py install --prefix=/opt/aster
~
6. .mpd.confの設定~
 $ cd ~/
 $ echo MPD_SECRETWORD=mr-secret > .mpd.conf
 $ chmod 600 .mpd.conf
　/opt/aster/etc/codeaster/mpi_hostfile を作成し、コンピュータ名：プロセッサー数を記入　例 ： comp1:8~
~
7. scalapackのインストール~
 $ mkdir /opt/scalapack
 $ mkdir /opt/scalapack/build
 $ mkdir /opt/scalapack/lib
 $ cp ~/Install_Files/mpiblacs.tgz /opt/scalapack/build
 $ cp ~/Install_Files/scalapack-1.8.0.tgz /opt/scalapack/build
 $ tar xfvz mpiblacs.tgz
 $ tar xfvz scalapack-1.8.0.tgz
 $ cd /opt/scalapack/build/BLACS
　Bmake.incを添付ファイルのように書き換える&ref(Bmake.inc);~
 $ make mpi
 $ cp LIB/*.a /opt/scalapack/lib
 $ cd /opt/scalapack/build/scalapack-1.8.0
　SLmake.incを添付ファイルのように書き換える&ref(SLmake.inc);~
 $ make
 $ cp libscalapack.a /opt/scalapack/lib
~
8. ParMetisのインストール~
 $ cp ~/Install_Files/ParMetis-3.2.0.tar.gz /opt
 $ cd /opt
 $ tar xfvz ParMetis-3.2.0.tar.gz
 $ cd ParMetis-3.2.0
　Makefile.in に 'XTRALIBS = -lmpich' を加える~
 $ make
~
9. mumpsのインストール~
 $ cp ~/Install_Files/aster-full-src-10.6.0/SRC/mumps-4.9.2-2.tar.gz /opt/
 $ cd /opt
 $ tar xfvz mumps-4.9.2-2.tar.gz
 $ mv mumps-4.9.2 mumps-4.9.2_mpi
 $ cd mumps-4.9.2_mpi/
　Makefile.inc を添付ファイルのように書き換える&ref(Makefile.inc);~
 $ make all
~
10. petscのインストール
 $ cp ~/Install_Files/petsc-2.3.3.tar.gz /opt
 $ cd /opt
 $ tar xfvz petsc-2.3.3.tar.gz
 $ cd petsc-2.3.3-p16
 $ ./config/configure.py --with-mpi-dir=/usr/lib --with-blas-lapack-lib=/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib/libacml.a --with-debugging=0 COPTFLAGS=-O3 FOPTFLAGS=-O3 --with-shared=0 --configModules=PETSc.Configure --optionsModule=PETSc.compilerOptions  --with-x=0
 $ PETSC_ARCH=linux-gnu-c-opt; export PETSC_ARCH
 $ PETSC_DIR=/opt/petsc-2.3.3-p16; export PETSC_DIR
 $ make
~
11. PAR10.6の作成~
　/opt/aster/etc/codeaster/asrun を開き、mpirun_cmd の部分を下のように書き換える~
　mpirun_cmd : mpiexec -machinefile %(mpi_hostfile)s -n %(mpi_nbcpu)s %(program)s~
 $ cd /opt/aster
 $ cp -ax STA10.6 PAR10.6
 $ cd /opt/aster/PAR10.6
　profile.sh を添付ファイルのように書き換える&ref(profile.sh);~
　config.txt  を添付ファイルのように書き換える&ref(config.txt);~
　＊config.txtのID_PERFの項は自身のコンピュータ名に書き換えてください。~
　＊11.1の場合はconfig.txtのPAR10.6をPAR11.1に置き換えてください。~
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.6 --make clean
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.6 --make clean bibf90/mumps
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.6 --make clean bibf90/petsc/
 $ mpd &
 $ ../bin/as_run --vers=PAR10.6 --make
　DIAGNOSTIC JOB : OK と表示されれば成功~
　/opt/aster/etc/codeaster/aster を開いて、 vers : stable の下に vers : PAR10.6 を追加すればASTKに PAR10.6 が登録されます~
~
12. comm の設定~
　下図のように、MECA_STATIQUEやSTAT_NON_LINEのオプションで並列ソルバーを選択してください。~
　b_mumps以下の項目はオプションですので、任意で設定してください。
#ref(SALOME-Mecaの活用技術/MUMPS_option.jpg)
~
13. ASTK の設定~
　Options でプロセッサー数を設定~
   mpi_nbcpu＝プロセッサー数
   mpi_nbnoeud＝コンピューター数
　２台のコンピューターがそれぞれ１０個のプロセッサーを持ち、合計２０個のプロセッサーがある場合は、~
   mpi_nbcpu=20、mpi_nbnoeud=2
　下図のようにASTKでVersionをPAR10.6に切り替えます。
#ref(ASTK10.6.jpg)
　Runボタンを押せば並列計算が実行されます。
~
トップ   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS