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*Code_Aster の並列化 [#pff8d5dc]
本家の情報:http://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=14892
ダウンロードしたファイルの保存先 ~/Install_Files~
インストール先 /opt と /opt/aster~
~
1. ファイルのダウンロード~
aster-full-src-10.3.0-3.noarch.tar.gz
acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz
ParMetis-3.1.1.tar.gz
scalapack_installer.tgz
~
2. フォルダの所有者の変更(root → user)~
$ sudo chown username /opt/
~
3. 必要なインストール~
$ sudo apt-get install gfortran g++ python-dev python-numpy zlib1g-dev libatlas-base-dev grace bison flex python-qt4 checkinstall mpich2
~
4. acmlのインストール~
$ cd ~/Install_Files/
$ mkdir ./acml
$ cp acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz ./acml
$ cd ./acml
$ tar xfvz acml-4-4-0-gfortran-64bit.tgz
$ ./install-acml-4-4-0-gfortran-64bit.sh -accept -installdir=/opt/acml4.4.0
$ echo /opt/acml4.4.0/gfortran64/lib | sudo tee -a /etc/ld.so.conf.d/amd_math.conf
$ sudo ldconfig
~
5. Code_Asterのインストール~
$ cd ~/Install_Files
$ tar xfvz aster-full-src-10.3.0-3.noarch.tar.gz
$ cd aster-full-src-10.3.0/
$ sed -i "s:PREFER_COMPILER\ =\ 'GNU':PREFER_COMPILER\ =\'GNU_without_MATH'\nMATHLIB=\ '-L/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib -lacml':g" setup.cfg
$ python setup.py install --prefix=/opt/aster
(sed で書き換えた後の setup.cfg&ref(SALOME-Mecaの活用技術/setup.cfg);)~
~
6. .mpd.confの設定~
$ cd ~/
$ echo MPD_SECRETWORD=mr-secret > .mpd.conf
$ chmod 600 .mpd.conf
/opt/aster/etc/codeaster/aster-mpihosts を作成し、コンピュータ名:プロセッサー数を記入 例 : comp1:8~
~
7. scalapackのインストール~
$ cd ~/Install_Files
$ tar xfvz scalapack_installer.tgz
$ cd scalapack_installer_0.96/
$ ./setup.py --blaslib=/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib/libacml.a --downblacs --lapacklib=/opt/acml4.4.0/gfortran64/lib/libacml.a --mpicc=mpicc --mpif77=mpif90 --mpiincdir=/usr/include/mpich2/ --prefix=/opt/scalapack --f90=/usr/bin/gfortran
~
8. ParMetisのインストール~
$ cp ~/Install_Files/ParMetis-3.1.1.tar.gz /opt
$ cd /opt
$ tar xfvz ParMetis-3.1.1.tar.gz
$ cd ParMetis-3.1.1
Makefile.in に 'XTRALIBS = -lmpich' を加える~
$ make
~
9. mumpsのインストール~
$ cp ~/Install_Files/aster-full-src-10.3.0/SRC/mumps-4.9.2.tar.gz /opt/
$ cd /opt
$ tar xfvz mumps-4.9.2.tar.gz
$ mv mumps-4.9.2 mumps-4.9.2_mpi
$ cd mumps-4.9.2_mpi/
Makefile.inc を添付ファイルのように書き換える&ref(SALOME-Mecaの活用技術/Makefile.inc);~
$ make all
~
10. PAR10.3の作成~
/opt/aster/etc/codeaster/asrun を開き、mpirun_cmd の部分を下のように書き換える~
mpirun_cmd : mpiexec -machinefile %(mpi_hostfile)s -n %(mpi_nbcpu)s %(program)s~
$ cd /opt/aster
$ cp -ax STA10.3 PAR10.3
$ cd /opt/aster/PAR10.3
profile.sh を添付ファイルのように書き換える&ref(SALOME-Mecaの活用技術/profile.sh);~
config.txt を添付ファイルのように書き換える&ref(SALOME-Mecaの活用技術/config.txt);~
$ ../bin/as_run --vers=PAR10.3 --make clean
$ ../bin/as_run --vers=PAR10.3 --make clean bibf90/mumps
$ mpd &
$ ../bin/as_run --vers=PAR10.3 --make
DIAGNOSTIC JOB : OK と表示されれば成功~
/opt/aster/etc/codeaster/aster を開いて、 vers : STA10.3 の下に vers : PAR10.3 を追加すればASTKに PAR10.3 が登録される~
~
11. ASTK の設定~
Options でプロセッサー数を設定~
mpi_nbcpu=プロセッサー数
mpi_nbnoeud=コンピューター数
2台のコンピューターがそれぞれ10個のプロセッサーを持ち、合計20個のプロセッサーがある場合は、~
mpi_nbcpu=20、mpi_nbnoeud=2
~
12. comm の設定~
13. 並列化の効果~
添付のJPGか、PDFの最後の2ページを見てください。内容は同じです。&ref(SALOME-Mecaの活用技術/Parallelize_2.pdf);~