#author("2020-07-31T15:11:06+09:00","default:opencaewikistaff","opencaewikistaff")
#author("2020-07-31T15:13:52+09:00","default:opencaewikistaff","opencaewikistaff")
* 例題ファイル「DemoProject.zip(SVProject)」を用いて、動作確認を兼ねた操作方法の情報1 [#b7cfb43b]

以下の説明では、公式サイトの DCUMENTATION の「Quick Guide」http://simvascular.github.io/docsQuickGuide.html において、「Project Management」からの操作手順を参考にしながら、SimVasucular の操作方法を学びます。ここでは、Windows10 の環境を用いて説明します。

準備として、作業フォルダ C:\WorkSV の中に、例題ファイル「DemoProject.zip」があることを確認します。次に、このファイルを展開して「SVProject」フォルダを作業フォルダ内に用意します。例題の手順では、この中の設定ファイルを流用します。

** 例題フォルダ「SVProject」を用いた動作検証 [#b1cbf414]

まず、SimVascular の動作確認のために、この例題をそのまま利用してみます。なおツールのウインドウの各部分の名称などは、[[Quick Guide:http://simvascular.github.io/docsQuickGuide.html]]の最初にある「GUI Layout」で確認してください。

*** SimVascularの起動 [#k823ec25]

インストール手順[[SimV-Install1]]により、Windows10 に導入済みの環境では、デスクトップ上の「SimVascular」ショートカットから起動します。なお、色々なツールが並ぶウインドウ「SimVascular 2020.04.06」と黒いログコンソール「mbilog」の2つが表示されますが、ログコンソールも必要です。

まず最初に、ウインドウやマウスの基本操作方法を確認します。右側の大きなパネルで「Welcome」タブを用います。表示されていない場合は、上部のメニューバーで「Help>Welcome」を選択して表示させます。英語の説明があり、「Welcome Tutorial」のボタンから進みます。必ず一通り見ておくことをお勧めします。

*** 例題プロジェクト「SVProject」の利用 [#g8ea1a33]

メニューバーで「File>Open SV Project」として、「Choose Projct」パネルで作業フォルダ WorkSV の中の例題プロジェクト「SVProject」を選択し、「フォルダーの選択」します。少し待つと、右側の Display Area の、「Display」タブ内に、黒い背景に4つの医用画像が表示されます。~
左側の Data Manager の、「SV Data Manager」タブには、SimVascular で行う血流解析で利用する様々な情報が提示されます。一番上の「SVProject」がプロジェクトの名称です。

最初は、「Image」項目の「sample_data-cm」のチェックボックスに印があるので、この医用画像が表示されていることになります。「Display」タブ内に4つの表示がありますが、左上赤色枠が「Axial断面(体に水平な体軸断面)」、左下青色枠が「Coronal断面(正面から見た冠状断面)」、右上緑色枠が「Sagittal断面(側面から見た矢状断面)」、右下黄色枠が3次元表示です。[[図示説明:https://www.ipfradiologyrounds.com/hrct-primer/image-reconstruction/]]はここを参考にしてください。

これで SimVascular で医用画像の読込が確認できました。次に右下の「3D」表示の右上にマウスカーソルを移動すると、水色■ボタンが表示されるので押すと、大きな 3D 表示1つになります。同様に右上にマウスを持ってゆくと水色4分割ボタンがあるので、これで最初の表示に戻ります。

ここで 3D 表示1つにして、「SV Data Manager」タブの「sample_data-cm」の項目のチェックボックスを外し、「Models」項目の「demo」のチェックに印を入れると、赤色の血管の解析モデルが表示されます。

このモデルを用いて、SimVascular で血流解析を行うためのソルバー「svSolver」の動作確認をします。インストール手順[[SimV-Install1]]により、Windows10 に導入済みとします。数値解析用のメッシュを作るので、「Meshes」項目の「demomesh」をダブルクリックします。

右側の Display Area が左右に分かれて、「SV Meshing」タブが表示されます。ここでは動作確認なので、設定はそのままで、右上の「Run Mesher」ボタンを押してメッシュを作ります。既に作られたメッシュがあるが新しく作るかを確認されるので、「Yes」で進めます。

少し時間がかかると確認されるので、「Yes」で進めます。少し待つとメッシュが作られ数値情報が表示されるので、「OK」で進めます。「Models」の「demo」のチェックを外し、「Meshes」の「demomesh」のチェックを入れると、青色の網の目のメッシュが表示されます。

次に血流解析を行うので、「Simulations」項目の「demojob」をダブルクリックしチェックを入れます。右側の Display Area に「SV Simulations」タブが表示されます。設定はそのままで、下段の「Create Files and Run Simulation」ボタンを押します。表示が変わり最後の「Run Simulation」ボタンを押します。SimVascular のウインドウの左下に、解析の進行が表示されます。エラーなく100%になって、シミュレーションジョブが終了したことが表示されたら、「OK」で完了です。
次に血流解析を行うので、「Simulations」項目の「demojob」をダブルクリックしチェックを入れます。右側の Display Area に「SV Simulations」タブが表示されます。設定はそのままで、下段の「Create Files and Run Simulation」ボタンを押します。

次に結果をParaViewを用いて可視化するので、下段の「Convert Results」ボタンを押します。表示が変わります。ここではまず「Steps:」に変換するデータの情報として「Start:10・Stop:100・Increment:10」と入力します。次に変換した結果を保存する場所をするので、最後の「Convert…」ボタンを押します。ここは表示の上の「Result Dir:」の場所を選択して、「フォルダーの選択」をします。少し待つと、結果が変換できたことが表示されるので、「OK」で完了です。
表示が変わり最後の「Run Simulation」ボタンを押します。SimVascular のウインドウの左下に、解析の進行が表示されます。エラーなく100%になって、シミュレーションジョブが終了したことが表示されたら、「OK」で完了です。

次に結果をParaViewを用いて可視化するので、下段の「Convert Results」ボタンを押します。表示が変わります。ここではまず「Steps:」に変換するデータの情報として「Start:10・Stop:100・Increment:10」と入力します。

次に変換した結果を保存する場所をするので、最後の「Convert…」ボタンを押します。ここは表示の上の「Result Dir:」の場所を選択して、「フォルダーの選択」をします。少し待つと、結果が変換できたことが表示されるので、「OK」で完了です。

これで、SimVascular での解析作業は終わりなので、ウインドウ上部のツールバーの「Save SV Projects」ボタンを押してプロジェクトの状態を保存してから、「Files>Exit」で確認には「Yes」で終了します。

解析結果を表示されるために、ParaView を起動します。先ほど指定した変換したデータの保存場所を「File>Open」で開きます。この中の「demojob-converted-results」フォルダを開き、「all_results_..vtu」を選択して「OK」で開きます。「Apply」ボタンで表示します。ここからの表示の方法は、ParaView の解説を参考にしてください。

[[AboutSimVascular]]

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